Saaristomeri-ohjelman pilottialueiksi on valittu Aurajoen ja Paimionjoen valuma-alueet sekä Kemiönsaari. Ohjelman tavoitteena on parantaa Saaristomeren tilaa vähentämällä sinne päätyvien ravinteiden ja haitallisten aineiden kuormitusta. Valitut alueet tarjoavat hyvän mahdollisuuden tutkia ja kehittää kestäviä ratkaisuja yhteistyössä paikallisten toimijoiden kanssa.