Pilottimenettely päättyy aina virallisesti. Joko jäsenvaltion toiminnassa ei ollutkaan vikaa, tai jos katsotaan olevan, niin komissio ilmoittaa aikeestaan viedä asia rikkomusmenettelyyn. Jäsenvaltiolle jää tällöin viimeinen mahdollisuus muuttaa käytäntöjään sovinnollisesti.

EU-komissio antaa jäsenvaltioille mahdollisuuden korjata toimintatapojaan ennen rikkomusmenettelyyn siirtymistä. Tämä pilottimenettely on osa EU:n pyrkimyksiä ratkaista erimielisyydet sovinnollisesti. Mikäli jäsenvaltio ei oikaise toimintaansa, komissio voi edetä rikkomusmenettelyyn.