Tietyt hyvinvointialueet haluavat luopua Apotista, kuitenkin tästä luopumisesta joutuu maksamaan. Tivin uutisten mukaan Apotista luopumisen hinta voi nousta jopa 25 miljoonaan euroon. Apotin kehittämisprojekti on kehittänyt maanlaajuista sähköistä potilastietojärjestelmää, mutta joidenkin alueiden mielestä järjestelmässä on ollut liikaa ongelmia ja sen käyttöönotto on ollut haastavaa. Apotin kehittämisestä on aiheutunut myös lisäkuluja. Jokaisen alueen täytyy erikseen päättää, haluavatko he jäädä Apotiin vai erota siitä. Mikäli eroamispäätös tehdään, tulee alueiden maksaa luopumishintaa.